O Pnate tem o objetivo de apoiar o transporte desses estudantes por meio de assistência técnica e financeira, em caráter suplementar, a estados, municípios e o Distrito Federal. Os valores são transferidos em duas parcelas anuais, usualmente em março e agosto.
A transferência é automática, sem necessidade de convênio ou outro instrumento. Os valores são usados no custeio de despesas com manutenção, seguros, licenciamento, impostos e taxas, pneus, câmaras, serviços de mecânica em freio, suspensão, câmbio, motor, elétrica e funilaria, recuperação de assentos, combustível e lubrificantes do veículo ou, no que couber, da embarcação utilizada para o transporte de alunos da educação básica pública. Servem, também, para o pagamento de serviços contratados junto a terceiros para o transporte escolar.
O cálculo do total destinado às Unidades da Federação é baseado no número de alunos residentes em áreas rurais que necessitam do transporte escolar em cada localidade, conforme o censo escolar do ano anterior, multiplicado pelo valor per capita definido pelo Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE). Os dados estão disponíveis no site do FNDE.